O território de Brotas pertencia inicialmente às sesmarias da região de Araraquara e era cortado pelas trilhas de expansão de Minas para o interior do estado.

Perto do ano de 1839, segundo fontes, foi construída uma capela dando origem à primitiva população local.
Os primeiros habitantes foram as famílias mineiras "Gente que estava apenas abandonando o sonho das minas para substituí-lo pelo sonho da permanência, do plantio, da fixação à terra" - BUSSAB(1992).

Tornou-se distrito de Araraquara em 1841, sendo que em 1853 transferiu-se para Rio Claro tornando-se município em 22 de agosto de 1859. Porém o aniversário da cidade é comemorado 03 de maio, isso por conta de uma comemoração católica.
O maior desenvolvimento de Brotas ocorreu na década de 20 e 30, época da expansão do café para o interior paulista.

Viveu em função desta atividade até sua crise definitiva. Marcante são a presença de italianos e seus descendentes que influenciaram os rumos políticos da cidade.

Com a crise do café houve um período de estagnação econômica, onde parte da população migrou para os grandes centros urbanos. A partir da década de oitenta a taxa de crescimento da população tornou-se positiva.

Hoje, o município possui uma economia predominantemente agrícola, onde se destaca a agroindústria da cana, que gera a maior parte da mão de obra.

Aproveitando seus recursos naturais, a tradição agropecuária, as cachoeiras, as matas preservadas e serras, a administração atual junto com a população tem desenvolvido uma economia turística, com base no ecoturismo (turismo rural, turismo de aventura, e várias atividades praticadas junto à natureza), visando uma alternativa de desenvolvimento sustentável para o município.

O NOME BROTAS

Vem das origens da fundadora de Brotas. Sendo Dona Francisca Ribeiro dos Reis descendente de portugueses católicos e devota de Nossa Senhora das Brotas, teria prestado uma homenagem à Santa, dando seu nome à cidade. Na Capela de Santa Cruz existe uma imagem do século XIX da referida Santa.